咖啡之所以有提神醒脑的功效，是因为其中富含的咖啡因可使人体的中枢神经兴奋。

咖啡因也是大多数功能性饮料中的主要活性成分，适量的咖啡因对神经有保护作用，但是在服药的期间，饮用咖啡或者含咖啡因的饮品可能会产生一些副作用，这主要是因为咖啡因会干扰药物的代谢，与许多种药物都有相互作用，导致发生不良反应的风险增加。

此类药物包括：左甲状腺素钠片、甲状腺素钠等。

甲减患者服用甲状腺素类药物期间，如果同时饮用咖啡，药物吸收效果会降低约一半，临床中屡次发生过患者由于喝咖啡导致药效减弱、无法控制症状的情况。

此类药物包括：阿仑膦酸钠等。

一方面，咖啡中的咖啡因会降低人体对钙质的吸收，并加速体内钙的清除，导致高水平的尿钙及肠道分泌钙。另一方面，咖啡因也会降低人体对阿仑膦酸钠（骨再吸收抑制剂）的吸收率，致使人体的钙质进一步流失，加重骨质疏松的症状。

咖啡因可刺激神经及肾上腺素的分泌，消耗人体内B族维生素，还与维生素B1结合，降低其在体内的吸收。因此，补充B族维生素时，尽量不要饮用咖啡，否则容易影响神经系统的稳定和平衡。

此类药物包括：对乙酰氨基酚、布洛芬等在内的很多感冒药。

这些解热镇痛药本身就对胃黏膜有刺激作用，而咖啡因也会刺激胃酸的分泌，加重胃肠道症状，持续高剂量的咖啡因摄入可能还会导致消化性溃疡、糜烂性食道炎以及胃食管反流病等。